Die Gesellschafterversammlung ist das oberste Organ der GmbH. Sie übt Kontroll- und Genehmigungsrechte aus und bestimmt über Satzungsänderungen. Zu ihren Aufgaben gehören zudem die Wahl und Entlastung des Aufsichtsrates sowie die Entlastung des Geschäftsführers.
Der Aufsichtsrat besteht aus derzeit sechs Personen aus den Sachgebieten Theologie/Diakonie, Wirtschaft/Finanzen/Recht sowie dem Sozial-/Wohlfahrtswesen. Er sorgt für die dem christlichen Auftrag gemäße kirchlich-diakonische Ausrichtung der Arbeit des Diakonischen Werkes Bonn und Region – gemeinnützige GmbH. Ihm obliegt die Überwachung und Beratung der Geschäftsleitung.
Aufsichtsratsvorsitzender ist Pfarrer i.R. Wolfgang Harnisch. Die weiteren Mitglieder des Aufsichtsrates sind:
Die Geschäftsleitung ist verantwortlich für die Führung sämtlicher Aufgaben und Geschäfte nach Maßgabe der Gesetze, des Gesellschaftsvertrages, der Beschlüsse der Gesellschafterversammlung und des Aufsichtsrates. Die näheren Aufgaben werden in der Geschäftsordnung geregelt.
Die Geschäftsleitung erstattet dem Aufsichtsrat sowie den Synoden der Evangelischen Kirchenkreise Bonn und Bad Godesberg-Voreifel regelmäßig Bericht über alle wesentlichen Vorgänge der Gesellschaft.
Das Kuratorium berät die Geschäftsleitung im Hinblick auf Berücksichtigung kirchlicher Interessen im Rahmen der Tätigkeit und der praktischen Arbeit der Gesellschaft. Es dient der Zusammenarbeit der Gesellschaft mit den bzw. der Anbindung an die Kirchengemeinden im Einzugsbereich der Gesellschaft. Für das Kuratorium benennen die Evangelischen Kirchengemeinden der beteiligten Kirchenkreise – mit Ausnahme der Evangelischen Kirchengemeinden Euskirchen, Flamersheim, Bad Münstereifel, Weilerswist und Zülpich, die Träger des Diakonischen Werkes Euskirchen sind – je ein Mitglied. Ferner gehören dem Kuratorium die jeweiligen Mitglieder des Aufsichtsrates an.